ساختمان سوم
تا خوردن و گرد شدن رشته پلیپپتید، بطوریکه Folding در آن ایجاد شود را ساختمان سوم آن مینامیم.
* در ساختمان سوم اسیدهای آمینهای که دور از هم هستند وارد میانکنش میشوند.
ویژگیها: 1- در این ساختمان عمدهترین نیروی موثر در تا خوردن پروتئینها میانکنشهای هیدروفوب است. 2- دومین نیرو پیوندهای الکترواستاتیک یا یونی بین ریشههای جانبی اسیدهای آمینه با بارهای (+) و (-) که در نتیجه باعث نزدیک شده اسیدهای آمینه با بارهای مخالف میشود. 3- پیوندهای هیدروژنی بین ریشههای جانبی. 4- پیوندهای دیسولفیدی بین ریشههای جانبی سیستئین.
ساختمان چهارم
زمانی که چند رشته پلیپپتید ساختمان سوم آنها تشکیل شده باشد و هر یک دارای یک Folding مستقل باشند و به یکدیگر متصل شوند، ساختمان چهارم ایجاد میشود.
** اگر بر روی پروتئینی که دارای ساختار چهارم است یک دترجنت مانند SDS (دارای سر آبدوست و دم آبگریز) اضافه کنیم : Subunit ها از یکدیگر باز میشوند، به هر کدام از آنها بر اساس اندازه SDS متصل میشود و هرچه Subunit بزرگتر باشد SDS بیشتری به آن متصل میشود. SDS ها از دم آبگریز به پروتئین متصل میشوند بنابراین هرچه پروتئین بزرگتر باشد، بارهای منفی روی آن بیشتر قرار میگیرد و پروتئین Unfold میشود یعنی همان ساختمان اول
پروتئینهای رشتهای (فیبری)
کلاژن
یک ساختمان دوم کم نظیر است. عمده ترین پروتئین بافت پیوندی و عمدهترین پروتئین تشکیل دهنده ماتریکس خارج سلولی است. چپگرد و نامحلول در آب است. در ساختمان کلاژن واحدهای تکرار شونده به نام تروپوکلاژن وجود دارند. در هر تروپوکلاژن سه رشته پلیپپتیدی وجود دارد که هلیکس سه رشتهای به نام Triple helix را تشکیل میدهند.
* در بین تروپوکلاژنها پیوند دیسولفیدی وجود دارد و در بین Triple helix ها پیوند هیدروژنی برقرار است.
* کلاژن حاوی 33% گلیسین ، 25% پرولین، هیدروکسی پرولین، لیزین و... و در نهایت 11% آلانین است.
خواص پزشکی
لیزین و پرولین کلاژن پس از سنتز هیدروکسیله میشوند. آنزیمی که آنها را هیدروکسیله میکند پرولیل هیدروکسیلاز و لیزیل هیدروکسیلاز است که هر دوی این آنزیمها برای فعالیت نیاز به ویتامین C، Fe، O2 و آلفا-گلوتارات دارند. ** در نتیجه کمبود ویتامین C ⃪ عدم تشکیل پیوندهای هیدروژنی بین هیدروکسی Pro و هیدرکسی Lys و ناپایداری کلاژن⃪ لق شدن دندانها، خونریزی زیر پوستی، رگها نازک میشوند و...
* لیزیل اکسیداز: با اکسید کردن ریشههای جانبی لیزینها باعث اتصال آنها به یکدیگر میشوند. کمبود مس باعث فعالیت این آنزیم میشود .....بیماری Manke (نوعی عقب ماندگی)