۱- حرارت دهي: با استفاده از دماي بالا تا ۱۰۰ درجه سانتي گراد مي توان نوكلئيك اسيد را از پروتيين خارج و جداسازي نمود كه بعلت دماي بالا در اين روش احتمال آسيب رسيدن به نوكلئيك اسيد بسيار .زياد است

۲- استفاده از تركيبات شيميايي: اضافه كردن اسيد قوي مانند اسيد استيك، يا باز قوي يا نمك قوي مانند كلريد كلسيم به سوسپانسوين ويروسي. در اين روش نيز مانند قبلي احتمال آسيب رسيدن به نوكلئيك اسيد بسيار زياد است.

۳- فنل يا تركيب فنل+كلروفرم: پس از فنل به سوسپانسيون ويروسي و مخلوط كردن آن عمل سانتريفيوژ در دورپايين صورت گرفت و فاز مايع رويي شامل نوكلئيك اسيد و رسوب فنل خواهد بود. چنانچه پروتييني هم در محلول مورد نظر موجود باشد بصورت اينترفاز (فاز مياني) قرار ميگيرد. در اين روش آسيبي به نوكلئيك اسيد نرسيده و مشكل استفاده ازين روش سمي بودن فنل و بوي بد آن مي باشد.

۴- ‍‍‍کتيل تري متيل آمينو برومايد (CTAB): چنانچه ازين تركيب استفاده گردد تمام نوكلئيك اسيد جدا مي شود كه در مواردي كه به ميزان بيشتري نوكلئيك اسيد نياز است كاربرد دارد مانند فيتوپلاسما